שלושים דקות בלבד לפני שהיתה אמורה לנחות בשדה התעופה בקהיר בשעות הלילה המאוחרות של יום רביעי, אניה מסחרית EgyptAir שהובילה 56 נוסעים ועשרה אנשי צוות נעלמה ממערכות מעקב הרדאר מעל הים התיכון. טיסה 804 של חברת EgyptAir יצאה משדה התעופה של שארל דה גול בפריז בשעה 23:09 שעון מקומי והייתה אמורה להגיע לבירת מצרים בשעה 03:15 לפנות בוקר ביום חמישי בבוקר, על פי דיווחי ה- BBC News. החוקרים בודקים כעת את דרכה של EgyptAir MS804 מפריס לקהיר כדי למצוא רמזים לגבי מה שקרה ברגעים האחרונים לפני שעל פי הדיווחים, איבדה בקרת התנועה עם הקשר עם המטוס מעל המרחב האווירי היווני.
חדשות ה- BBC הצליחו לאשר עם גורם בכיר ב- EgyptAir כי טיסה 804 הגיעה לגובה שייט של 37, 000 רגל במה שפקידי התעופה כינו טיסה "נורמלית" אחרת. מבקרי תנועה אווירית השלימו כמה טיסות בדיקה בלתי-מובנות עם הטייס, על פי אותו דיווח, לפני שאיבדו קשר עם המטוס במהלך המעבר מיוון למרחב האווירי המצרי. על פי שר הביטחון של יוון, שנאם במסיבת עיתונאים טלוויזיונית המוקדמת בבוקר יום חמישי, לאחר הרגיעה בתקשורת, טיסת EgyptAir "הסתובבה וצללה" לפני שהתחילה בירידה חדה לכיוון הים התיכון ונעלמה ממערכות מעקב אחר מכ"ם.
משימת חיפוש והצלה מאסיבית תואמה בין הצבא היווני למצרי כדי לחפש ניצולים ורמזים בסביבתו היכן שהיה מקום הימצאו האחרון של המטוס, על פי דיווח ב- CNN. גורמים רשמיים ביוון אישרו כי צוותי החילוץ גילו כמה חפצים צפים בים ממש דרומית-מערבית לכרתים, שלדברי הרשויות היו יכולים להיות פסולת מהטיסה המוטה. עד כה לא נמצאו ניצולים.
בעוד החוקרים בודקים האם ניתן לקשור את החפצים למטוס החסר, הרשויות מתערבבות כדי לחבר בין הנקודות בין הרגעים האחרונים של הטיסה לבין גורמים אפשריים לירידה חדה של המטוס והיעלמותו. אותו דו"ח של רשת CNN ציטט את שר התעופה האזרחית במצרים באומרו כי הגורם להיעלמות הטיסה היה "סביר יותר שהוא טרור מאשר נושא טכני."
מכיוון שהרשויות "שומרים ראש פתוח" על הגורמים האפשריים להיעלמותה של טיסה 804, אנשי תעופה ומודיעין בודקים גם פרצות אבטחה אפשריות בתוואי המתפתל שמילתה של מטוס EgyptAir ביממה האחרונה, כולל עצירות בתוניסיה ואריתריאה בצפון אפריקה.
על פי שידור שידור חי ב- CNN, גורמי המודיעין בודקים את ביטויים המופיעים ביממה האחרונה של המטוס מול רשימות צפייה בטרור בינלאומיות כדי לבדוק אם מופיעים שמות נוסעים או צוותים. רשויות המודיעין ממקדות את תשומת הלב בפרט בחורים ביטחוניים אפשריים בשדה התעופה של צ'רלס דה גול, שם כ -70 עובדים ביטלו את אישור הביטחון שלהם בשנה שעברה בגין חשד לקשרי טרור. עד כה אף קבוצות טרור לא התייחסו לאחריות לאחריות להתרסקות.